工业微生物、食品微生物的蛋白质组学研究：

有些微生物也能为人类所利用，广泛应用于食品生产、酿酒工艺、制药工业等方面。通过蛋白质组技术，研究这些微生物的遗传变异机理，菌种改良机制等，可以使人类更加有效的利用这些微生物。

肠道微生物的多组学研究：

近年兴起了研究肠道微生物菌群热潮。一是采用非靶向代谢组学方法研究微生物的代谢产物，二是采用宏蛋白质组学研究方法，分析微生物菌群物种和致病机理。三是采用基因和转录组技术研究菌群物种。