微生物种类非常繁多，一般可分为：

——原核：细菌、放线菌、螺旋体、支原体、立克次氏体、衣原体。 　　

——真核：真菌 、藻类、原生动物。

——非细胞类：病毒和亚病毒。

微生物同人类健康，农业生产和工业生产都有比较紧密的联系。

致病菌的多组学研究：

微生物对人类最重要的影响之一是导致传染病的流行。在人类疾病中有50％是由病毒引起。世界卫生组织公布资料显示：传染病的发病率和病死率在所有疾病中占据第一位。

在疾病的预防和治疗方面，人类取得了长足的进展，但是新现和再现的微生物感染还是不断发生，像大量的病毒性疾病一直缺乏有效的治疗药物。一些疾病的致病机制并不清楚。大量的广谱抗生素的滥用造成了强大的选择压力，使许多菌株发生变异，导致耐药性的产生，人类健康受到新的威胁。

这些都要求我们采用更为高效、更高通量、更大范围内研究微生物，而这些要求正是基因组、转录组、蛋白质组和代谢组等技术的优势。这些技术可在物种鉴定、疾病机理研究、药物开发、传染病预防和治疗等方面发挥巨大作用！